Potensi senyawa seskuiterpenoid Saussurea costus (Falc.) Lipsch dalam menghambat reseptor spike protein sebagai antivirus SARS-COV-2 secara In silico

Agung, Milda Kurnia (2021) Potensi senyawa seskuiterpenoid Saussurea costus (Falc.) Lipsch dalam menghambat reseptor spike protein sebagai antivirus SARS-COV-2 secara In silico. Sarjana thesis, UIN Sunan Gunung Djati Bandung.

Preview	Text (COVER) 1_cover.pdf Download (94kB) | Preview
Preview	Text (ABSTRAK) 2_abstrak.pdf Download (103kB) | Preview
Preview	Text (DAFTAR ISI) 3_daftarisi.pdf Download (65kB) | Preview
Preview	Text (BAB I) 4_bab1.pdf Download (47kB) | Preview
	Text (BAB II) 5_bab2.pdf Restricted to Registered users only Download (128kB) | Request a copy
	Text (BAB III) 6_bab3.pdf Restricted to Registered users only Download (49kB) | Request a copy
	Text (BAB IV) 7_bab4.pdf Restricted to Registered users only Download (63kB) | Request a copy
	Text (BAB V) 8_bab5.pdf Restricted to Registered users only Download (101kB) | Request a copy
	Text (DAFTAR PUSTAKA) 9_daftarpustaka.pdf Restricted to Registered users only Download (229kB) | Request a copy

Abstract

INDONESIA : Corona virus disease atau Covid-19 merupakan penyakit zoonosis yang berkembang menjadi pandemik disebabkan oleh virus SARS-Cov-2. Saat ini vaksin sudah mulai diaplikasikan pada manusia sehingga dapat mencegah terinfeksinya virus ini, namun untuk mengatasi orang yang telah terinfeksi antivirus perlu dikembangkan. Saussurea costus (Falc.) Lipsch mengandung senyawa seskuiterpenoid yang memiliki aktivitas antivirus. Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan metode penambatan molekuler untuk memprediksi jenis senyawa seskuiterpenoid yang memiliki potensi antivirus terhadap protein spike. Senyawa Seskuiterpenoid yang digunakan terdiri dari Dehidrocostus lactone, 7α-Hydroxydehydrocostus lactone, Gallicadiol, Magnolialide, Saussureamine A, Picriside B, Germecrene Acid, dan Sulfocostunolide A. Penelitian ini dilakukan dengan teknik in silico. Database PDB dan Pubchem digunakan untuk memperoleh ligan dan reseptor dan software Pyrx, Biovia Discovery Studio 2020, CASTp server, Senjeeveni, pkCSM, dan protox-II digunakan untuk menambatkan molekul dan uji sifat fisikokimia serta uji sifat farmakokinetik senyawa. Analisis penelitian ini berdasarkan sifat farmakokinetik, nilai binding Affinity, nilai RMSD serta interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Hasil penelitian ini didapatkan dehidrocostus merupakan senyawa yang memiliki sifat farmakokinetik lebih baik dibandingkan senyawa lainnya, perbandingan nilai binding affinity dari delapan senyawa uji yaitu -6.3 kkal/mol untuk senyawa Magnolialide, -5.9 kcal/mol untuk Sulfocostunolide A dan Picriside B, -6.0 kkal/mol untuk senyawa Gallicadiol, -5.6 kkal/mol untuk senyawa 7α-Hydroxydehydrocostus lactone dan Saussureamine A, 5.3 kcal/mol untuk senyawa Dehidrocostus lacton dan -5.3 kcal/mol untuk senyawa Germecrene Acid. Berdasarkan perbandingan nilai energi ikatan tersebut diketahui bahwa senyawa Magnolialide memiliki nilai yang lebih rendah dan memiliki interaksi yang stabil dibandingkan senyawa lainnya sehingga memiliki kemampuan terbaik untuk menghambat penempelan S-RBD dengan ACE2 dan berpotensi sebagai antivirus SARS-CoV-2. ENGLISH : Corona virus disease or Covid-19 is a zoonotic disease that caused by the Sars-Cov-2. Currently vaccines have begun to be applied to prevent this disease. However, in order treat infected people antiviral need to be developed. Saussurea costus (Falc.) Lipsch contains sesquiterpenoid compounds that have antiviral activity. This research was conducted in silico with a molecular docking method to predict types of sesquiterpenoid compound that has antiviral potential against spike protein. The sesquiterpenoid compounds used consisted of Dehydrocostus lactone, 7α-Hydroxydehydrocostus lactone, Gallicadiol, Magnolialide, Saussureamine A, Picriside B, Germecrene Acid, and Sulfocostunolide A. This research was conducted in silico technique. PDB and Pubchem databases were used to obtain ligands and receptors and software Pyrx, Biovia Discovery Studio 2020, CASTp server, Senjeeveni, pkCSM, and protox-II were used to anchor molecules and assay physicochemical properties as well as test the pharmacokinetic properties of compounds. The analysis was conducted based on pharmacokinetic properties, binding affinity values, RMSD values and interactions between ligands and receptors. The results of this study obtained dehidrocostus lactone as a good compound because it has better pharmacokinetic than other compounds. A comparison of the binding affinity values among the eight test compounds, -6.3 kcal /mol for Magnolialide compounds were, -6.0 kcal/mol for Gallicadiol compounds, -5.9 kcal/mol for Sulfocostunolide A and Picriside B, -5.6 kcal/mol for 7α-Hydroxydehydrocostus lactone and Saussureamine A, -5.4 kcal/mol for Dehydrocostus lactone, compounds, and -5.3 kcal/mol for Germecrene Acid compounds. Based on the comparison of bond energy values, it is found that Magnolialide compounds have lower values and have stable interactions than other compounds so that it has the best ability to inhibit the attachment of S-RBD to ACE2 and has the potential as an antiviral for SARS-CoV-2.

Actions (login required)

View Item